La Facultad de Ciencias Naturales (FCN) se conforma en diciembre de 1995 por acuerdo del H. Consejo Universitario, integrando a las Licenciaturas de Biología, Nutrición y Medicina Veterinaria y Zootecnia, que formaban parte de otras facultades de esta Universidad. La integración de la FCN permite el uso óptimo y eficiente de los recursos humanos, materiales y físicos, propiciando una relación más estrecha entre las funciones de investigación, docencia y extensión. Sobre todo, se pretende el trabajo interdisciplinario que de manera cotidiana enriquezca la formación de los alumnos y el desempeño de docentes e investigadores
La FCN renueva cotidianamente su pacto social a través de la formación de ciudadanos con valores, actitudes y aptitudes humanos; la formación de estudiantes y profesionistas para el desarrollo social y económico del Estado y el País; la generación de conocimientos de vanguardia en investigación con responsabilidad social en áreas humanísticas, científicas y tecnológicas; la extensión de sus servicios al atender los requerimientos de diversos sectores sociales; y la difusión de la cultura, preservando y divulgando las más altas manifestaciones del conocimiento, los valores y expresiones de la cultura local, regional, nacional y mundial, que hoy son patrimonio de la humanidad.
A pesar de su corta historia, por los diferentes programas académicos que ofrece la FCN, ocupa un lugar importante dentro de la Universidad y en el contexto estatal, regional y nacional, como lo destaca el Centro Nacional para la Evaluación de la Educación Superior que ha otorgado a nuestros egresados testimonios de alto rendimiento por su desempeño académico.
Actualmente, la FCN cuenta con instalaciones principales en el campus Juriquilla, donde se concentran aulas, laboratorios de docencia y de investigación, un herbario y jardín botánico, colecciones faunísticas un bioterio, una unidad de manejo ambiental para herpetofauna y senderos interpretativos con plantas de la región, así como clínicas universitarias de Nutrición y de Medicina Veterinaria. En el campus Amazcala, la FCN tiene instalaciones para prácticas con especies de importancia agropecuaria así como unidades de investigación y de producción. En el campus aeropuerto, varios integrantes de la FCN tienen laboratorios de investigación en la Unidad de Microbiología Básica y Aplicada.