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Las LGAC que maneja la Maestría en Salud y Producción Animal Sustentable son: la Salud Animal y la Producción Animal Sustentable.
La LGAC en Salud Animal tiene como objetivo formar recursos humanos dirigidos a generar conocimientos innovadores cuidando la salud y bienestar animal. Algunos de los cursos para esta línea son: Biología Molecular, Epidemiología, Técnicas de diagnóstico inmunológico y molecular, Inmunología y vacunas, métodos de muestreo e interpretación de resultados, enfermedades infecciosas, Salud Pública e Inocuidad Alimentaria, Control sustentable de las garrapatas y enfermedades que transmiten, Herramientas biomoleculares y de Bioinformática, entre otros.
La LGAC de Producción Animal Sustentable tiene como finalidad formar recursos humanos dirigidos a generar conocimientos innovadores que lleven al desarrollo de una producción pecuaria sustentable. Algunos de los cursos para esta líneas son: Sistemas de Alimentación Básico, Sistemas de Alimentación Aplicado en Monogástricos y Rumiantes, Mejoramiento Genético, Enfermedades Metabólicas y Nutricionales, Manejo Reproductivo etc.