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A la fecha, el herbario cuenta con tres colecciones:
- Plantas vasculares
- Gimnospermas
- Angiospermas
- Briofitas
- Líquenes.
El total de sus colecciones asciende alrededor de 40,000 ejemplares; de los cuales, el 70% corresponden al estado de Querétaro, el 10 % a los estados de Guanajuato y Tamaulipas y el 20 % restante a diversas regiones del país.
El acervo del Herbario QMEX, está constituido básicamente por especímenes desecados, no obstante, incluye también otro tipo de colecciones, como son: fotografías de ejemplares herborizados (5,500) y fotografías de plantas in situ (3,000). También, se tiene una colección histórica que comprende ejemplares de finales del siglo IX y principios del siglo XX (53 ejemplares), que muestra el acervo histórico y cultural de Querétaro, ya que incluyen registros de colectas en el estado, mostrando la temprana herborización de la flora queretana. Además, se cuenta con una pequeña colección de laminillas de polen (700) y otra de semillas de 150 especies de malezas y cactáceas (adicional al Banco de Germoplasma de la UAQ).
Se cuenta con una base de datos tipo BIOTICA©5.0 con 42,000 registros.
Capturistas de la base de datos
M. en C. Yolanda Pantoja Hernández
L. en Ham. Natalia Fourrey Arias
Clasificación de plantas vasculares
La colección de plantas con flores constituye, aproximadamente, el 90% de los ejemplares del total de la colección del herbario. Esta parte del acervo, contiene ejemplares correspondientes a 216 familias, 1,596 géneros y 5,458 especies.
Las familias con mayor representación de ejemplares y especies: en orden decreciente son: Asteraceae, Poaceae, Fabaceae, Euphorbiaceae, Fagaceae, Solanaceae, Rubiaceae, Orchidaceae, Malvaceae, Cactaceae.
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Fotos: Yolanda Pantoja
Gimnospermas
Este grupo de plantas, sin flores ni frutos, constituye apenas el 1% de los ejemplares del total de la colección del herbario, representado por seis familias, 15 géneros y 50 especies. Las familias mejor representadas son: Pinaceae y Cupressaceae.
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Fotos: Yolanda Pantoja
Este grupo de helechos y plantas afines (Pteridophyta) constituye más o menos el 3% de la colección de plantas vasculares, representado por 24 familias, 71 géneros y 238 especies. Siendo las familias más numerosas: Polipodiaceae y Pteridaceae.
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Fotos: Yolanda Pantoja
Este grupo de plantas no vasculares (Bryophyta), asciende a poco más de 2,920 ejemplares. Constituyendo el 6% del total de la colección. Representado por 45 familias, 133 géneros y 239 especies. Siendo el grupo más representativo el de las Briofitas de la familia Pottiaceae y Bryaceae.
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