El programa educativo de la Licenciatura en Microbiología cuenta con la participación de profesores-investigadores de la Facultad de Ciencias Naturales adscritos a este Programa Educativo. La Licenciatura cuenta también con el apoyo de profesores e investigadores de otras licenciaturas, facultades e instituciones que imparten algunas de las asignaturas. El  95 % de los docentes que participan en el Programa Educativo tiene grado de doctor y realiza investigación de manera activa en Cuerpos Académicos, Grupos Colegiados, Grupos de Trabajo o laboratorios independientes. El 78 % pertenece al Sistema Nacional de Investigadores, lo que coloca a la Licenciatura en Microbiología en una posición ideal para los estudiantes que desean desarrollarse como investigadores científicos, ya que cuenta con una planta docente caracterizada por la investigación.

Colegio de Profesores 

En el año 2014 se conformó el Colegio de Profesores de la Licenciatura en Microbiología. Este órgano académico tiene como finalidad la participación colegiada para defender la libertad académica en la enseñanza y en la investigación como medio necesario para el adecuado desarrollo de la microbiología. El Colegio de Profesores también coordinan los esfuerzos del personal académico, elevando el nivel de investigación y enseñanza de la microbiología en la Universidad Autónoma de Querétaro y en el país; El colegio vela  por una comunicación adecuada y oportuna entre el personal académico y el Consejo Interno de la Licenciatura en Microbiología.  Cada año se elige un miembro del Colegio para ocupar la Coordinación de la Licenciatura a menos que por mayoría de votos el Coordinador sea removido o su plazo sea extendido hasta por un máximo de tres años consecutivos.

Integrantes del Colegio

 Profesores que participan de manera continúa en el programa