El Herpetario de Querétaro es un espacio dedicado a la exhibición de Anfibios y Reptiles, tales como: víboras, tortugas y cocodrilos entre otros grupos, con un énfasis en especies regionales. Su función principal es promover la investigación, educación y conservación ambiental así como la sensibilización y concientización de la importancia de la Herpetofauna Queretanay sus Recursos Naturales.

En los más de 10 años que tiene el Herpetario se han llevado a cabo diversas actividades tales como exposiciones temporales en ferias y centros educativos del Estado, pláticas en escuelas públicas y privadas, empresas y cursos de verano; se proporciona espacio a los alumnos de las carreras de Biología y Veterinaria de la Universidad Autónoma de Querétaro para su formación académica y profesional; se promueve el intercambio de información y el desarrollo proyectos y eventos con personas interesadas de otros Estados y Universidades. Así como, la realización de actividades en coordinación con instituciones gubernamentales Federales, Estatales y  Municipales para que se tenga un mayor impacto a través de la suma de esfuerzos, causando con ello un impacto favorable en la relación entre la población y los anfibios y reptiles de Querétaro y México.

Es un espacio de rehabilitación de fauna maltratada y un centro depositario de animales decomisados por la Procuraduría Federal para la Protección del Ambiente (PROFEPA), por lo que se muestra a los visitantes la problemática de la venta ilegal de animales como mascota y el maltrato de éstos.