El núcleo académico básico de la Maestría en Gestión Integrada de Cuencas está constituido por siete profesores, de los cuales seis son profesores de tiempo completo, y uno por cátedra de CONACyT. Asimismo, seis ostentan el grado de doctor y uno el grado de maestría.

El 71% de los profesores del núcleo académico básico obtuvo el último grado de estudios fuera de la Universidad Autónoma de Querétaro. De manera específica, se destacan tres profesores que obtuvieron el último grado en el extranjero (dos de Doctorado y uno de Maestría): Universidad de Exeter (Inglaterra), Universidad Joseph Fourier de Grenoble (Francia) y el Institute for Aerospace Survey and Earth Science, (Países Bajos). Además, tres profesores obtuvieron el grado de Doctor en una instancia nacional diferente a la Universidad Autónoma de Querétaro mientras que uno lo obtuvo en la UAQ. Asimismo, a nivel maestría un profesor obtuvo el grado en la UAQ.

Tres profesores tienen el reconocimiento del Sistema Nacional de Investigadores. Además, seis de los profesores cuenta con la distinción académica del perfil deseable PRODEP otorgado por su trayectoria académica y productividad por la Secretaría de Educación Pública (SEP). Por otro lado, dos de los profesores del núcleo básico pertenecen a cuerpos académicos consolidados, sea el caso de Ecología y diversidad faunística, e Hidráulica, mientras que tres profesores más se encuentran en el cuerpo académico en consolidación denominado Territorio y Recursos Naturales.