La Facultad de Ciencias Naturales (FCN) de la Universidad Autónoma de Querétaro se constituyó oficialmente por decisión del H. Consejo Universitario el 4 de diciembre de 1995 con la unión de las licenciaturas de Biología, Nutrición y Medicina Veterinaria y Zootecnia. En el 2005 se llevó a cabo el traslado de la FCN al Campus Juriquilla. Actualmente, la FCN está conformada por 6 licenciaturas, 4 maestrías y un programa de doctorado, con capacidad instalada en 3 campi: Jurquilla, Aeropuerto y Amazcala. Sus programas educativos son de excelencia académica y cuenta con una planta docente de alto nivel, con reconocimiento PROMEP e investigadores pertenecientes al Sistema Nacional de Investigadores.

La FCN de la UAQ responde a necesidades sociales de alta demanda e importancia a nivel nacional y mundial, entre ellas la conservación y cuidado del medio ambiente, el aprovechamiento sustentable de recursos naturales, la salud y la producción animal y la nutrición, alimentación y salud humana. Cada uno de estos aspectos se trata a través del trabajo multidisciplinario al interior de la facultad mediante 1) la docencia, que permite la formación de recursos humanos de alta calidad y compromiso con el entorno; 2) la investigación, que permite abordar problemáticas desde diferentes enfoques y proponer soluciones a través de la generación de conocimiento; 3) la extensión, que vincula el conocimiento con servicios para la comunidad

Los egresados de los diferentes programas de licenciatura y posgrado son capaces de incidir positivamente en diversos sectores de la sociedad: educativos, productivos, gubernamentales; tanto públicos como privados. Su participación dentro de equipos de trabajo multi e interdisciplinarios permite el desarrollo científico, tecnológico, educativo, productivo y del bienestar social. Su papel en la toma de decisiones es ahora, y será mañana, de gran relevancia en el desarrollo de nuestro país. Asimismo, la FCN se relaciona con el entorno a través de diferentes actividades de extensión y vinculación a través de cursos de actualización y diplomados, el desarrollo de proyectos productivos, lo que favorece la interacción de miembros de la FCN con la comunidad y la participación en la resolución de problemas sociales. Además, los programas de servicio social y prácticas profesionales permiten que los estudiantes y egresados participen en instituciones públicas y privadas.