Los principales objetivos del herbario son:

• Albergar colecciones botánicas que representan, principalmente la flora de Querétaro, así como la de otras regiones del país.

• Servir de herramienta básica para estudios de sistemática, florística, morfología y palinología, entre otros.

• Divulgar, en todos los niveles la importancia de preservar, conservar y manejar la flora.

• Colaborar con floras, regionales y nacionales.