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- Convenio de colaboración académica para la ejecución del proyecto “Desarrollo tecnológico para el control biológico de plagas de cultivos de jitomate y chile en ambientes protegidos” (Propuesta no 13725 Innovapyme-CONACYT, aprobada a Koppert de México S. A. de C. V.) llevada a cabo por KOPPERT de México S. A. de C. V. y la Universidad Autónoma de Querétaro en donde se pueda publicar de manera conjunta los resultados del proyecto en distintos foros nacionales e internacionales teniendo en consideración los derechos de autor de ambas partes. Fecha de Vigencia: 20 de septiembre de 2010 hasta el término del proyecto.
- Convenio específico de colaboración entre la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua y la Universidad Autónoma de Querétaro para garantizar el desarrollo de las actividades académicas relativas a la impartición de cursos, las tutorías y la codirección de trabajos de tesis correspondientes a la mención en Gestión en Recursos Bióticos y de áreas protegidas. Vigencia: 4 de julio de 2006 a la fecha.
- Convenio de colaboración académica con la Unión Ganadera Regional de Querétaro (UGRQ) y la Universidad Autónoma de Querétaro (UAQ) a través de la Facultad de Ciencias Naturales para la vinculación de la UAQ por medio de proyectos que solicite en materia de Desarrollo Rural Sustentable de interés para la UGRQ y productores establecidos en la zona serrana, altiplano y semidesierto; desarrollar paquetes tecnológicos para el fomento de la ganadería en el estado; promover y desarrollar programas de capacitación, de integración de cadenas productivas, fomento de la cultura empresarial, desarrollo sustentable, desarrollo regional, mercadotecnia, reproducción, entre otros, tanto para técnicos de la UGRQ como productores y fomentar el desarrollo sustentable a través de la vinculación UAQ-UGRQ.
- Convenio de cooperación académica con la Universidad Andrés Bello de Chile (situación actual: en firma en el Departamento de Jurídicos de la UAQ. Vigencia: desde 2014).
- Convenio de Convenio General de Colaboración con el Colegio de la Frontera Sur, “ECOSUR” y Universidad Autónoma de Querétaro, en firma en el Departamento de Jurídico de la UAQ. Vigencia tres años desde 2015 a 2017.