Los alumnos del programa disponen de dos fuentes principales, además de la propia, para financiar sus estudios de maestría.
La primera y más importante es el acceso a las becas nacionales de CONACYT
(http://www.conacyt.gob.mx/Paginas/InicioNueva.aspx).
Estas becas se otorgan a alumnos inscritos en programas académicos reconocidos por el Padrón Nacional de Programas de Calidad, lo que les asegura un financiamiento continuo y seguro para sus estudios. En promedio y por esta vía, el 80% de los alumnos admitidos en la Maestría en Gestión Integrada de Cuencas son becados por CONACYT y desarrollan sus estudios de tiempo completo.
Por otra parte, el programa se caracteriza por su fuerte y continua vinculación con los distintos sectores sociales y gubernamentales; gracias a ello, el programa lleva a cabo una intensa actividad en el desarrollo de consultorías y proyectos de intervención con lo cual se accede a recursos que lo convierten en un PE completamente autosuficiente. Se accede así a una fuente importante de ingresos propios que permite no solo la adquisición de infraestructura, sino apoyar económicamente a los alumnos que no cubren los requisitos para ser admitidos en el programa nacional de becas de CONACYT.
Otras fuentes de financiamiento son las institucionales a través de la Coordinación de Becas de la Universidad Autónoma de Querétaro