El Colegio se divide a su vez en cinco academias que dictaminan asuntos académicos especializados como revisión y actualización de los contenidos mínimos y bibliografía y revisión de solicitudes de movilidad interna, de acuerdo con su área temática:

  1. Físico-matemáticas (aspectos académicos relacionados con las asignaturas: Matemáticas, Física, Matemáticas Biológicas, Biofísica, Fisicoquímica, Bioestadística, Estadística Multivariada y Diseño Experimental, Bioinformática, Modelaje de Enfermedades Infecciosas, Epidemiología).
  2. Bioquímica y Biología Molecular (aspectos académicos relacionados con las asignaturas: Química Orgánica, Química Inorgánica, Bioquímica, Biología Celular, Biología Molecular, Genética de Procariotas, Genética de Eucariotas, Genómica Funcional, Procesos Celulares, Metabolismo Microbiano).
  3. Ecología y Evolución (aspectos académicos relacionados con las asignaturas:  Diversidad de Microorganismos I, Diversidad de Microorganismos II, Teoría Evolutiva, Simbiosis Microbianas, Ecología Microbiana).
  4. Aplicaciones (aspectos académicos relacionados con las asignaturas: Patogenicidad Microbiana, Sistemática Filogenética, Inmunología Celular y Molecular, Parasitología, Micología, Virología, Técnicas de Microscopía, Farmacéutica Microbiana, y todas las terminales especializantes).
  5. Investigación y Apoyo (aspectos académicos relacionados con las asignaturas: Bioseguridad y Marco Legal de la Microbiología, Historia del Pensamiento Científico, El Método Científico, Comunicación de la Ciencia, Bioética y Ética Profesional).