Las actividades propias del Programa de la Maestría en Salud y Producción Animal Sustentable se realizan en instalaciones localizadas en tres campi de la Universidad Autónoma de Querétaro: Aeropuerto, Amazcala y Juriquilla. Los tres campi cuentan con aulas para docencia, cubículos para profesores y espacios exclusivos para estudiantes de posgrado. 

Todos los profesores de tiempo completo (PTC) tienen un cubículo propio dentro o fuera de los laboratorios, con teléfono, mobiliario, computadora, impresora y acceso a internet.

Para finales de 2017 se contará con más cubículos para profesores en un tercer nivel del edificio principal de la FCN Campus Juriquilla.

También los PTC que tienen actividades en el Campus Amazcala cuentan con un cubículo en sus instalaciones. Los profesores de tiempo parcial que se dedican en un mayor número de horas a las actividades académicas o en la posta zootécnica también tienen un cubículo, equipado.

Se cuenta con una sala de maestros, para ser ocupada por los profesores de tiempo parcial, así como la utilización de este espacio para reuniones académicas. Cuenta con dos cubículos individuales, refrigerador y horno de microondas.

Para docencia, en el Camps Juriquilla la MSPAS están disponibles un total de 21 aulas equipadas con cañones y pintarrones, que se comparten con los demás programas educativos de la Facultad de Ciencias Naturales. Adicionalmente, cuenta con 13 salones en el Campus Aeropuerto y 4 en el Campus Amazcala.

Se cuenta con un edificio nuevo en Campus Juriquilla con una sala para consejos, una sala de cómputo (se habilitará en breve) y 7 aulas en su mayor parte destinadas a posgrado.

Los estudiantes de posgrado en el Campus Juriquilla cuentan con 3 salas de estudio exclusivas en donde pueden realizar actividades de consultas en internet cuando no se encuentran en los laboratorios y en donde se realizan sus tutorales y algunas reuniones por la tarde de las Comisiones Académicas y de Seguimiento de la MSPAS. Una de ellas cuenta con equipo audiovisual para poder realizar videoconferencias. Algunos estudiantes tienen espacio para realizar trabajos de escritorio dentro de los laboratorios, si así lo permite el espacio. A finales de 2017 los estudiantes contarán con dos aulas nuevas en la ampliación del edificio principal de la FCN.

La Facultad de Ciencias Naturales cuenta además con áreas comunes para los estudiantes de su institución.